Shinichi Kudo est un brillant lycéen obsédé par les enquêtes policières . Au cours d'une affaire , les membres d'une mystérieuse organisation ( les hommes en noir )  lui font boire un poison qui , au lieu de le tuer , le fait rajeunir de dix ans . Par sécurité , il se cache sous le pseudonyme de Conan Edogawa et part à la recherche des malfaiteurs responsables de son état . Seul son voisin , le professeur est courant de ce qui lui est arrivé . Celui-ci lui concocte de nombreux gadgets afin de l'aider . Conan se voit ainsi doté de chaussures qui lui permettent de courir plus vite , de lunettes radar ... Il est hébergé par sa petite amie d'antan , Ran Mouri , dont le père est un détective quelque peu miteux . Discrètement , Conan résout les enquêtes confiées à Kogoro Mouri , rehaussant ainsi le prestige de ce dernier , trop heureux de se découvrir du génie . Pour ne pas éveiller les soupçons , Conan va à l'école . Mais se retrouver avec des enfants qui adorent jouer au détectives et qui débordent de curiosité n'est pas toujours facile .

Tout au long de l'histoire , on suit Conan au travers de ses enquêtes . On se prend vite au jeu , car il nous est également possible de trouver la solution des énigmes , tous les indices nous sont donnés . Mais attention , c'est plus dur que les Mickey Enigme ! De plus les personnages sont très attachants .

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